Después de buscar un buen rato, logré recabar un conjunto de enlaces con todo lo necesario para hacer visualización de datos georeferenciada.

Dejo aquí la información para cualquiera que ande buscando.

Datos abiertos del INEGI

Estos datos pueden servir para visualizar la información provista por la Secretaría de Salud sobre un mapa de la república mexicana.

Mapas georeferenciados

Aquí puedes descargar el marco geoestadístico más reciente que indica que sigue el estándar de datos abiertos:
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La descarga está compuesta de archivos en formato ZIP, uno para cada entidad y uno más para el marco geoestadístico integrado.

Los ZIPs contienen archivos SHP (ESRI Shapefile).

Estos archivos pueden ser importados en un programa como QGIS y ser exportados —por ejemplo— a formato GeoJSON.

Con GeoJSON en mano puedes usar D3 para desplegar el mapa de la república mexicana en un navegador.

Catálogo de claves estatales, municipales y localidades

Aquí encontrarás el Catálogo Único de Claves de Áreas Geoestadísticas Estatales, Municipales y Localidades más reciente y debidamente georeferenciado:
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Recomiendo descargar el archivo en formato CSV codificado en UTF-8.

También podrás descargar catálogos predefinidos para entidades, municipios o localidades.

Datos abiertos de la Secretaría de Salud

Aquí encontrarás la base de datos del día, así como el diccionario de datos:
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Datos abiertos de las bases históricas:
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Datos de COVID-19 a nivel mundial

Ver repositorio en GitHub

Aquí encontrarás líneas de tiempo de casos confirmados, recuperados y fallecidos por día, por país y en algunos casos por ciudad.